Может ли работодатель установить режим работы по 12 часов в смену (сутки), если при этом сверхурочные превышают допустимую годовую продолжительность - 120 часов? Если "да", то в каких случаях и как правильно это оформить?

Да, может,  с соблюдением норм главы VII Трудового кодекса